Klinik SSBJ merupakan pusat rujukan kesihatan utama bagi murid dan atlet sekolah. Unit ini bertanggungjawab memastikan setiap pelajar berada dalam keadaan sihat, selamat dan sejahtera sepanjang berada di persekitaran sekolah dan asrama.
Selain menyediakan rawatan perubatan asas, unit ini turut memantau kebajikan kesihatan murid, mengurus kes kecemasan serta bekerjasama rapat dengan warden, guru dan ibu bapa demi kesejahteraan pelajar secara menyeluruh.